La capsaicina nos pica porque se une a un receptor, o mejor dicho un canal iónico, de nuestras células llamado potencial transitorio vaniloide 1 (TRPV1). Cuando la capsaicina se une a este canal, se desencadenan una serie de señales en nuestro cuerpo que nos hacen sentir el picor de los chiles. También, este canal ha sido identificado como un receptor importante involucrado en la transmisión y modulación de las señales dolorosas. Aunque parezca una idea contraria, ponerse algo que pica para quitarse el dolor, sucede que la exposición a altas dosis de capsaicina aplicada de forma tópica provoca la excitación de las neuronas que tienen al TRPV1 (y se percibe una irritación y picazón) seguida por la desensibilización, analgesia y disminución del dolor. 

La aplicación de capsaicina para reducir la sensación de dolor, es una de las alternativas para dolores extremadamente fuertes, neurálgicos y permanentes. Es una de las alternativas más empleadas en pacientes con intolerancia o contraindicaciones a otro tipo de analgésicos. Una de las ventajas del uso de la capsaicina como analgésica es la ausencia de efectos adversos sistémicos. Sin embargo, su uso, también provoca efectos secundarios como irritación, sensación de quemazón y/o escozor.